Una vez instaurada la escuela secundaria e integrada al sistema educativo nacional, este nivel experimentó sus formas a partir de cambios significativos, particularmente en la definición de planes y programas de estudio, modalidades y su carácter obligatorio.
Las transformaciones curriculares han sido numerosas y han sido documentadas con claridad por Margarita Zorrilla (2004). Las primeros cambios remiten a la etapa fundacional de la secundaria, cuando se realizaron modificaciones orientadas a articular este nivel con la educación primaria y el bachillerato, particularmente en los periodos de 1932 y 1934. En este mismo contexto se inscribe la incorporación —y posterior abandono— de la educación socialista impulsada durante el gobierno del presidente Cárdenas (1934-1940), cuyos principios ideológicos también influyeron en la organización curricular de la secundaria.
Más adelante, el presidente Echeverría (1970-1976) en 1978 promovió una reforma educativa de carácter pedagógico-curricular en la educación secundaria. Uno de sus rasgos más distintivos fue la organización del currículo por áreas de conocimiento, en lugar de asignaturas, esquema que se mantuvo vigente hasta la década de 1990.
Durante el proceso de modernización educativa del gobierno de Salinas de Gortari (1988-1994), se suscribió el Acuerdo Nacional para la Modernización de la Educación Básica (ANMEB), dentro del cual una de las estrategias fue la reformulación de contenidos y materiales educativos, así como el regreso a la organización curricular por asignaturas. No obstante, el cambio más relevante de este periodo fue la consolidación de la obligatoriedad de la educación secundaria, establecida en 1993.
Con el paso del tiempo se dieron nuevas reformas a los planes y programas de estudio, entre las que destacan la Reforma integral de la Educación Secundaria (RIES) de 2006 y la Reforma Integral de la Educación básica (RIEB) del 2011. Más recientemente, tenemos la Nueva Escuela Mexicana, iniciada en 2019, con lo cual se definieron los planes y programas de estudio 2021 y 2022.
En cuanto a las modalidades de la escuela secundaria, históricamente se han desarrollado tres principales: secundaria general, secundaria técnica y telesecundaria. La secundaria general, a partir de 1927, se clasifica como escuela oficial —federal o estatal—, mientras que las secundarias particulares se identifican como incorporadas o no incorporadas.
La secundaria técnica adquirió relevancia con el impulso a la educación tecnológica y la creación de instituciones como el IPN en 1936 y los institutos tecnológicos regionales, hasta consolidarse con la creación formal del sistema de secundarias técnicas en 1978.
Finalmente, la telesecundaria, creada en 1968, hizo posible ampliar la cobertura, especialmente en zonas rurales y de difícil acceso. A estas modalidades puede sumarse la escuela secundaria para adultos.